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我们可以将PCR仪分为：梯度PCR仪，原位PCR仪，实时荧光定量PCR仪，普通PCR仪四类：
一、梯度PCR仪：把一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件，通常12种温度梯度，称为梯度PCR仪。
主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样节约成本的同时也节约了时间。它主要用于科研，教学机构。
二、原位PCR仪：用于从细胞内靶DNA的定位分析的细胞内基因扩增仪，如病源基因在细胞的位置或目的基因在细胞内的作用位置等。原位PCR仪不但可以检测到靶DNA，又能标出靶序列在细胞内的位置，于分子和细胞水平上研究疾病的发病机理和临床过程及病理的转变有重大的实用价值。
三、实时荧光定量PCR仪：在普通PCR仪的基础上增加一个荧光信号采集系统和计算机分析处理系统，就成了荧光定量PCR仪。其PCR扩增原理和普通PCR仪扩增原理相同，只是PCR扩增时加入的引物是利用同位素、荧光素等进行标记，使用引物和荧光探针同时与模板特异性结合扩增，该仪器主要用于医学临床检测，生物医药研发，食品行业，科研院校等机构。
四、普通的PCR仪：把一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪，叫传统的PCR仪，也叫普通PCR仪。如果要做不同的退火温度需要多次运行。主要是做简单的，对目的基因退火温度的扩增。该仪器主要应用于科研研究，教学，医学临床，检验检疫等机构。
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