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两天完成泛癌基因组体细胞突变靶向重测序扩增子建库
TruSeq Amplicon - Cancer Panel
英文名称：TruSeq Amplicon - Cancer Panel，缩写TSACP
中文名称：TruSeq 扩增子法癌症Panel
用途：癌症基因组体细胞突变扩增子建库试剂盒，适用于FFPE样本。
TruSeq Amplicon - Cancer Panel 提供预先设计的、优化的寡核苷酸探针，富集212个扩增子来检测48个癌症相关基因中的突变区域。
TruSeq Amplicon - Cancer Panel能够对包括BRAF，KRAS和EGFR在内的重要癌症相关基因进行高度敏感的突变分析。这些基因突变与许多癌症有关，包括黑色素瘤，结直肠癌，卵巢癌和肺癌。这种检测方法从珍贵的FFPE样品筛选这些重要变异的独特能力将从多种肿瘤中解开大量基因组信息。
The TruSeq Amplicon - Cancer Panel enables highly sensitive mutation detection studies of important cancer-related genes, including BRAF, KRAS, and EGFR. Mutations in these genes are linked to many cancers, including melanoma, colorectal, ovarian, and lung cancer.
TSACP特点
提供预先设计的，优化的寡核苷酸探针，用于测序 35千碱基（kb）的靶基因组序列中的突变热点。
在高度多重的单管反应中，用212个扩增子靶向48个基因。
对来自选定基因（如BRAF，KRAS和EGFR）的数百个癌症热点进行测序。
两天内完成基因组DNA的全面分析数据。
zui准确的数据能够可靠地检测低于5％的突变频率。
使用简单的仪器上自动分析软件对所有样品进行变异调用和分析。
TSACP应用
泛癌分析：快速高效地发现、验证和筛选癌症相关遗传变异。
TSACP参数
分析时间 8 hours
手动操作 3.5 hours
加样量 150 ng high-quality genomic DNA, 250 ng FFPE genomic DNA
测序仪 MiniSeq, MiSeq, MiSeqDx in Research Mode
核酸 DNA
特别样本 FFPE Tissue 福尔马林固定包埋组织
突变类型Insertions-Deletions (indels), Somatic Variants
种属 人
癌症类型 Pan-Cancer 泛癌
方法 扩增子测序 靶向基因测序Amplicon Sequencing, Targeted DNA Sequencing
TSACP适用样本
高质量基因组DNA：250ng（推荐），150ng（zui低）
FFPE基因组DNA：250ng （zui低）
简化的操作流程TSACP将一些操作流程简化，包括FFPE样品的DNA质量控制分析，简单磁珠样品标准化，自动化簇生成和双端测序以及仪器上的数据分析。利用MiSeq系统的长双端读取能力，速度和高数据质量，现在可以在几天内完成整个项目，而不是几个月。
样本质控 样本目标基因的扩增子获得 扩增子测序和分析
扩增子获得流程：
一对寡核苷酸用来获得一个扩增子。将这些寡核苷酸杂交至未片段化的基因组DNA（96孔板），随后进行延伸和连接以形成DNA模板（带引物序列的目标区域）。使用随试剂盒提供的索引接头，文库被索引，PCR扩增，然后在测序之前pool到单个试管中。
A癌症panel寡核苷酸探针的杂交
B延伸和连接
C通过PCR添加索引（indexes）和测序接头
D收获准备测序的扩增子
TSACP性能规格
Panel 大小35 kb；内容 212 amplicons；扩增子大小 170 190 bp；DNA Input 250 ng
Assay Time 7 hrs, 2.5 hrs hands-on；Enrichment Specificity 85%；Coverage Uniformity 85% at 0.2 mean
Dropouts* 0 （Dropouts are defined as amplicons having no sequencing coverage when the sample achieves a mean sequencing depth of 1000 .）
TSACP目标基因列表
ABL1
EGFR
GNAS
MLH1
RET
AKT1
ERBB2
HNF1A
MPL
SMAD4
ALK
ERBB4
HRAS
NOTCH1
SMARCB1
APC
FBXW7
IDH1
NPM1
SMO
ATM
FGFR1
JAK2
NRAS
SRC
BRAF
FGFR2
JAK3
PDGFRA
STK11
CDH1
FGFR3
KDR
PIK3CA
TP53
CDKN2A
FLT3
KIT
PTEN
VHL
CSF1R
GNA11
KRAS
PTPN11
CTNNB1
GNAQ
MET
RB1
名词解释：Pan-Cancer（泛癌）
基因组图谱泛癌计划：由于起源部位、细胞类型、基因突变形式的不同,肿瘤可表现出不同的形态。这些因素同时影响肿瘤的治疗效果。虽然已经证实许多基因的改变直接导致了表型的改变,然而,许多肿瘤谱系中复杂分子机制依然未完全阐明。因此,肿瘤基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）研究网络分析了大量人类肿瘤,以期发现DNA、RNA、蛋白质和表观遗传学水平的分子改变。含丰富数据的结果给我们提供了一个机会,对整个肿瘤谱系的共性、个性及新观点形成一个整体描绘。基因组图谱泛癌计划zui先比较了12种肿瘤类型。对不同肿瘤分子改变及其功能的分析,未来会告诉我们如何将有效的治疗方法应用于类似基因表型的肿瘤。
TruSeq Amplicon - Cancer Panel Kit 组件 (FC-130-1008)：
四个试剂盒包括两个Pre-Amplification、一个Post-Amplification和一个TruSeq Amplicon - Cancer Panel Oligo Kit, Pre-Amplification试剂盒。
TSACP订购信息
品牌
货号
产品描述
规格
Illumina
FC-130-1008
TruSeq Amplicon - Cancer Panel
96 样本
TSACP搭配试剂：
Illumina FFPE QC Kit WG-321-1001
TruSeq Custom Amplicon Index Kit (96 indices, 384 Samples) FC-130-1003
MiSeq Reagent Kit (300-cycles - PE) MS-102-2002
可选: TruSeq Index Plate Fixture and Collar Kit (2 Each) FC-130-1007
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