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水体中微生物检测的目的是对各种不同水体中微生物的数量、种类或对其中的微生物变化规律进行研究，以及从中分离某种微生物。对这些内容研究的结果与水样采集的时间、地点及取样方式有直接的关系。分析实验室从样品的采集到报告的编发是一个系统的质量控制过程。在这一过程中，除用准确的分析技术和精密的仪器设备科学的采集样品,正确的保存样品,规范的流转样品也十分重要。采集的样品要有代表性，易受环境变化而变化的分析项目要在现场测试,需在实验内测试的样品，在测试之前加以妥善保存、固定，确保样品在分析前不会发生明显的变化。规范的流转程序保证样品不发生混淆、错漏。
(1)采样地点的选择不同水体的物理学及生物学的环境条件显著不同，其中生存的微生物种类、数量和活性等都有很大差异。因此，为了获得有代表性的水样，取样地点的选择非常重要。通常，流动的河道应选择水深20～30cm的水层取样，若调查垂直分布，则应选择在河流深处为采集点；湖水采样应在湖泊中心与沿岸具有代表性的区域；在判断污水对河流和湖泊的影响时，一般应在污水口处按一定距离及有代表性的出口地点分别取样，同时还应在没有污染的上游水域取样作对照。海洋及港湾取样地点的选择也要根据具体环境设点，一般近岸较密，远岸较疏，同时还要考虑不同的调查目的，如基础调查、检测调查、专题调查和应急调查等。
(2)水样的采集采样前，需根据调查计划规定的调查站数及采样数量做好采样瓶、采水球、移液管、水样引出管、水样贮存瓶、过滤器、培养皿等器具的灭菌和消毒工作，并以所有的灭菌器具只能使用一一次为原则配齐所需的数量。
采集供微生物检验的水样必须按无菌操作技术进行，并保证在送检过程中不受外界污染，只有这样才能反映当地当时水体微生物的真况
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