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微生物实验室主要是对微生物的鉴别、分离、培养、育种、形态~变异、釉用、危害等方面进行实验和研究。微生物是存在于自然界中的形体微小、结构简单、肉眼看不到、必须借助显微镜放大数百倍、镦数干倍甚至数万倍后，才能观察到的低等生物体。在地球上地壳内、大气层、水和动植物内，微生物无处不在。微生物与人类的关系紧密，在农业、酿造、食品、纺织、皮革、石油、化工、医药卫生、抗生素和维生素的生产，基因工程中、污水处理等行业和领域有广泛的应用。
微生物实验室组成一般包括：准备室、微生物培养室、器械消毒及检测室、纯水室、清洗室、菌种室、储藏室等。微生物实验根据工作领域(食品、药品、医疗等)和性质(教学、生产、研究、检测等)的不同，实验室组成和规模有很大差别。
微生物实验室设计应设置成独立的区域，与其他实验室分开，门口设有门禁，非相关人员不得进入，各室根据工作内容合理布局，既方便工作又不互相影响。入口处设置集中式更间，培养室根据培养条件和种类不同可设置多间(如细菌培养室、霉菌培养室、固体培养室、液体培养室等)。
(1)洁净实验室设计：安排在实验室的靠边角落处自成一区，用密封门限制人员的进出，把辅助房间设置在外部，把有洁净要求的房间设置在人员干扰较少的地方。考虑微生物实验操作流程，方便人流与物流的份额里。排风口装有高效过滤器，送风口装有高效过滤静压箱，室内送排风曹勇上送下排方式，室内排风单侧布置，不得有障碍。余压阀自动调节室内压力，保持正压洁净状态。为控制人员的出入(人流)，只设有一个密封门进入微生物实验室主洁净区，操作人员进入走廊然后进入准备间，并从准备间分别经过一更、二更、缓冲进入操作区。物流则由传递窗实现。
(2)准备室：设实验台、试剂柜等要绝缘、耐热、实验台要耐水耐腐蚀：设置上下水装置，涉及粉末，筛分等操作，需配置相应的设备。局部排风，设排风柜。
(3)培养室：主要配置各种培养箱、摇床，要求温度较恒定，有足够的 电力供应。
(4)洗涤室：洗涤室房间的尺寸根据日常工作量决定，一般不小于一个单间，洗涤室的位置靠近培养室，给排水设施完善，洗涤台面须耐热耐酸，室内配器皿柜，滴水架，干燥架，边台等，地面应有良好的排水坡度和地漏。
(1)应保证实验室内所有活动的照明，避免不必要的反光和闪光。
(2)设备的设计、建造与安装应便于操作、易于维护、清洁、清除污染和进行质量检验。应尽量避免使用玻璃以及其他易碎的物品。
(3)实验台面应是防水的，并可耐消毒剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度的作用。
(4)微生物实验室的门应有可视窗，并达到适当的防火等级，最好能自动关闭。
(5)实验室器具应当坚固耐用，在实验台、柜和其他设备之间及其下面要保证有足够的空间以便进行清洁。
(6)必须为实验室安全运行、清洁和维护提供足够的空间。
(7)应当有足够的储存空间来摆放随时使用的物品，在实验室的工作区外还应当提供另外的可长期使用的储存间。
(8)安全系统应当包括消防、应急供电、应急淋浴以及洗眼设施。
(9)应当为安全操作以及储存镕剂、压缩气体和液化气提供足够的空间和设施。
(10)实验室墙壁、天花板和地板应当光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和消毒剂的腐蚀。地板应当防滑。
(11)有可靠和充足的电力供应和应急照明，以保证人员安全离开实验室。
