利用Agilent2100生物分析仪系统简化DV200评估——中国生物器材网

前言
RNA 样本的质量评估对于成功完成RNA测序工作流程中的文库制备至关重要。Agilent 2100生物分析仪系统能够通过总RNA Nano和Pico分析实现RNA样本量和完整性的高重现性评估。一般来讲，RNA完整值 (RIN) 是一种适用于评价RNA测序样本完整性的参数。建立源自福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织样本的RNA测序方法时，需要通过片段大小分布来进一步区分降解的RNA样本。DV200 质量指标表示超过200个核苷酸的RNA片段的百分比，并且与FFPE样本的捕获前文库产率表现出高度关联性1。
本技术概述介绍了在Agilent 2100 生物分析仪系统上使用DV200 RNA Nano和DV200 RNA Pico分析简化DV200 的评估。
DV200 RNA Nano和Pico分析的主要改进在于：   预定义的 DV200 区域
 DV200 默认展示在区域表中
 结果根据 DV200 范围进行标记
 DV200 范围显示在芯片汇总中 技术详情
使用 Agilent 2100 生物分析仪系统， 该系统配备 Agilent 2100 Expert 软件版本 B.02.08、Agilent RNA 6000 Nano 试剂盒（部件号 5067-1511） 和 Agilent RNA 6000 Pico 试剂盒（部件号 5067-1513）。除非另有说明， 否则按照制造商的方案和指南进行操作。FFPE RNA 样本由国家肿瘤疾病中心（NCT，德国海德堡）的组织库提供，本应用符合组织库的规定并获得海德堡大学伦理委员会的批准。
数据分析
DV200 RNA 分析能够自动定义一个包含 200 至 8000 个核苷酸的区域， 如图 1 所示。对应的 DV200 显示在区域表的总百分比一列中。所有样本的 RIN 算法不受影响。选择结果表，DV200 会包含在导出并打印的数据中。此外，可以从芯片汇总表中复制 DV200范围。

结果标记
可根据DV200指标对降解的 RNA样本按片段大小分布进行分类。一些 RNA序列库方案推荐根据样本的 DV200范围采用 RNA 的起始量1。DV200RNA分析用不同颜色标记 RIN 4 的样本，以轻松评估 DV200 范围（图 2）。

导入分析
DV200 RNA Nano 和 Pico 分析能够与 2100 Expert 软件版本 B.02.08 或更高版本兼容。它们可用于重新分析现有数据文件以及新数据采集。
如需使用 2100 Expert 软件进行 DV200 RNA Nano 或 Pico 分析，请从安捷伦网站下载该软件：www.genomics.agilent.com。将 DV200 RNA Nano.xsy 或 DV200 RNA Pico.xsy 文件存储在 RNA 分析文件夹 (C:\Program Files (x86)\Agilent\2100 bioanalyzer\2100expert\assays\RNA) 中。
要将 DV200 应用于现有数据文件： 1. 用 2100 Expert 软件打开文件
2. 导航至分析属性选项卡
3. 单击导入设定值并选择对应的 .xsy文件（图 3） DV200 RNA Nano 分析仅可用于重新分析真核细胞总 RNA Nano 数据文件，并且 DV200 RNA Pico 分析仅可用于真核细胞总 RNA Pico 数据文件。
分析设定值和结果标记将应用于数据文件并且随后可以进行保存。
要用 DV200 RNA Nano 和DV200 RNA Pico 分析运行样本： 1. 根据 RNA Nano 或 Pico 试剂盒指南制备样本和 RNA 芯片
2. 当芯片准备好并放入 2100 生物分析仪中时，转至仪器情境界面，单击分析选择，并选择对应的 DV200 RNA 分析。将该分析存储于 RNA 分析文件夹中后，就成为了通用分析选择的组成部分（图 4）
结论
DV200 RNA Nano 和 DV200 RNA Pico 分析是实用工具，能够自动定义从 FFPE 组织中提取的降解 RNA 样本的 DV200 区域。分析被导入后，即可用于运行 Agilent 2100 生物分析仪 RNA 芯片或重新分析现有数据文件。DV200 结果可保存、导出并显示在报告中。
参考文献
1. evaluating RNA Quality from FFPE Samples. Illumina, Technical Note, publication number 470-2014 001. https://www.illumina.com/ documents/products/technotes/ technote-truseq-rna-access.pdf
仅限研究使用。
不可用于诊断目的。
本文中的信息、说明和指标如有变更，恕不另行通知。
安捷伦科技（中国）有限公司，2017 2017 年 8 月 1 日，中国出版
5991-8287ZHCN