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天然酵素
生物体内的酵素就是一种蛋白质，而蛋白质是由胺基酸聚合而成的聚合物，由于具有氢键的吸引力形成三级结构，
具有活性中心，可以催化生物体内的各种生化反应。蛋白质工程是利用基因工程的方法，先将产生酵素的基因群殖出来，
再改变基因上某些A、T、G、C的顺序，以改变转译出来的蛋白质的胺基酸序列，形成我们所需要的酵素。
由于生物体内大部分的酵素都是经过千万年演化而来，所以都是活性最大的状态，
利用蛋白质工程对酵素所做的改变并不会增加酵素的活性，而是用来增加酵素的安定性(比较不容易变质)，
或改变催化反应条件，或改变酵素对不同反应物(基质)的亲和程度。科学家发现修改酵素的某些胺基酸之后，
会使酵素的活性下降或完全失去活性，这个时候就也可以知道这几个胺基酸很重要。
固定化酵素
将酵素固定在固相物体(载体)表面上，称为“固定化酵素”，固定化酵素可以增加酵素的安定性、耐热性，
以及可重複使用的特性，也可以制作成生物反应器，让反应物(基质)通过反应器后，即可获得大量的生成物。
在反应器中可以模拟生物体内的某一个代谢路径，设计出连续反应的酵素，这样可以模拟细胞内的连续催化路径，产生更有学术或经济价值的生成物。
如果把酵素固定在薄膜上，制作成以酵素反应为基础的检验电极，可以快速检验大量的检体，称为“酵素电极”。
萤光剂与蛋白质结合发出萤光,荧光显微镜出售
常用分离DNA、RNA或蛋白质的方法称“凝胶电泳”
