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整体来说，比色法和阳极溶出伏安法各有优缺点，比色法的理论较为简单，方法的稳定性好，准确度高，仪器结构也较为简单、价格便宜，易于维护。比色法的缺点是检测下限一般在0.01ppm数量级，高于阳极溶出伏安法。另外，比色法受样品的浊度和色度的干扰较大，但是这个可以通过加参比光来扣除，增强比色法的 适用性。比色法测实际样品时，重复性一般可达到≦5%，准确度误差可达到≦10%。
阳极溶出伏安法的理论较为复杂，所测的电流信号容易受很多因素的影响。理论上讲，绝大多数物质都会产生电流信号，包括样品中的有机物、可溶性物质、气体均可产生电流信号。所以目前市场上现有的阳极溶出伏安仪器，均存在一个问题：测标样可以测到较低浓度，尤其是单指标标液时，可以得到非常好的结果，但是测多指标的标液时，各元素之间会产生干扰，准确度变差，测实际样品时，更是会产生很大的偏差。所以，阳极溶出伏安仪，在测实际样品时，不如比色法适用。比色法遇到某些指标检测下限达不到的情况，可以通过增加光程来检测，遇到存在干扰物质的情况，通过加掩蔽剂来解决，而阳极溶出伏安法测实际样品不准的情况，则很 难解决。阳极溶出伏安法测实际样品时，准确度很难达到误差≦10%，误差较大时可能会达到≧50%。目前阳极溶出伏安法实际应用的领域仍限于比较干净的地表水，但是仍存在仪器维护量大、数据不稳定、电极需要定期更换、测实际样品时需要每次用加标法来测等问题。
关于试剂的毒性，两者均是化学方法，很难避免使用有毒的化学试剂。近期有些文献报道阳极溶出伏安法可以用毒性较小的铋代替毒性较小的汞，但是这种代替会导致检测下限的提高，而且会干扰铜元素的测定，另外，也解决不了阳极溶出伏安法测实际样品不准的问题。
