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流式细胞术
流式细胞术可快速对一个细胞群体进行鉴定，这种鉴定基于一些参
数，如细胞形态、核酸含量和表面抗原等。细胞用适当的荧光素标记后
制成单细胞悬液，并逐个快速通过通道，同时用激光束进行检测。通过
分析每个细胞同激光束的相互作用(散射光和荧光)，便可获得群体中符
合预期参数的代表性菌体细胞。流式细胞术中，荧光标记的抗体可被用
来直接检测菌体细胞。在食品微生物学中，其中一个缺点是这种方法无
法区分细胞死活以及来自于食品基质的干扰。
生物发光法
生物发光法通过测量样品中ATP含量来间接测量微生物的数量。由
于只有活细胞中含有ATP，那么ATP的数量直接与样品中微生物数量相关
。在mg2+存在时，用荧光素一荧光素酶系统(来自萤火虫)可以测量所检
样品中裂解细胞的ATP浓度。这种方法可以检测每克或每毫升食品中低
达10的2次方～10的3次方的活细菌细胞或10个酵母细胞，其也能测量设
备表面的微生物数量。这种方法非常迅速，并且使用这些方法的自动系
统现在也已经出现在市场。
在另一种方法，来自于自发光的细菌(如弧菌)中编码生物发光的基
因(Z眦基因)已经克隆到一些致病菌、指示菌以及腐败菌中。荧光素酶
催化分子氧氧化黄素单核苷酸(FMNH2)和长链脂醛并且发光。因为只有
活细胞可以发光，克隆有发光基因的菌株可以被用来快速评价杀死细胞
或从食品及食品环境中清除细菌的一些杀菌或除菌方法的有效性及其效
果。这种方法也被用来检测受伤不能发光、但修复损伤后仍可发光的菌
体。现已经有商业生产的测量反应光强的自动系统。
许多其他的快速方法、自动系统以及传统方法模型现在也都已商业
化。一些已经在文献中经过详细讨论并且可以被查阅。
